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中国科学家拟完成旋花科所有植物全基因组测序

发布时间:2017-12-04 阅读:

  中国科学家打算完成整个空心菜植物基因组测序 - 新闻 - 科学网

  8月21日上午,中国科学院上海植物生理生态研究所和上海辰山植物园的科学家宣布,计划启动两栖植物基因组计划,希望对所有已知的旋花科植物1,608种进行测序在未来5到10年植物基因组。

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  上海辰山植物园项目发起人之一的杨军博士告诉“新闻通讯”(www.thepaper.cn),人类基因组计划等项目完成后,测序技术正在迅速发展。成熟的技术,实施旋花科基因组计划。

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  本文的第一作者杨军博士,上海陈山植物园。

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  同一天,杨军作为第一作者,中国科学院上海植物生理生态研究所研究员张鹏是本文的作者之一。 Nature Plants发表了关于红薯Enigma研究论文起源的在线报告。本文对多倍体复合基因组的分析为旋花科基因组计划扫清了障碍。

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  迄今为止,已经完成了超过200种植物的全基因组测序,但是对于整个植物王国来说,还没有一个单一的植物家族(植物分类学的概念)完全测序。

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  届时,旋花科将成为植物界第一个全面测序的植物。在这个尺度上,科学家们根据家庭中所有植物的基因组信息,希望找到更多植物多样性的秘密,帮助农业育种。

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  旋花科不是植物界最大的分支,但它的多样性非常丰富。

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  21日上午,上海辰山植物园的杨军博士告诉我们,红薯,牵牛花,d丝子,菠菜都是天蛾。它们是农作物,观赏植物,草药,蔬菜。

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  什么样的进化,使植物的同一枝,产生了如此多姿多彩的物种多样性?这是杨军想回答的问题之一。

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  另外,旋花科水平基因转移(HGT,Horizo​​ntal Gene Transfer)现象中有很多植物?是一个天然的转基因植物? HGT带来这些植物什么基因,有什么影响?

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  杨军希望与世界各地的科学家合作,利用旋花科基因组计划的基因组数据来解开这些谜团,培育更好的作物。

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  他们遇到的第一个问题是如何收集足够的旋花科家庭的样本。那么另一个不可回避的问题就是确定。这是一个旋花科?所以,他们需要植物分类学家的帮助。

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  目前,根特大学,国际马铃薯中心,德国马普分子遗传研究所和牛津大学的许多科学家都加入了这个项目。

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  旋花科基因组计划提醒人类基因组计划和国际微生物组计划。

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  中国科学院上海植物生理生态研究所研究员张鹏是本文的作者之一。

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  1985年,美国的第一批科学家提出了人类基因组计划(HGP)。据估计,过去15年来,已经测序了23对人类染色体对,总预算为30亿美元。该项目的实施大大增强了测序技术,测序成本不断降低。

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  1990年,人类基因组计划正式启动。 2001年,人类基因组草案发布。在2003年,这个测序项目顺利完成,92%的数据样本的准确性超过99.99%。

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  2015年10月29日,来自中国,美国和德国的三位科学家在国际学术期刊“自然”上发表了一篇文章,呼吁启动国际微生物学项目,呼吁全球努力分析表面和内部的微生物人体。上海交通大学生命科学与技术学院教授赵立平是其中一位作者。

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  2016年5月13日,美国政府宣布启动国家微生物计划,该计划表示将启动超过5亿美元的启动资金投资,以支持跨学科研究和寻找人类健康等问题的答案。微生物。

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  中国科学家建立世界上第一个甘薯基因组数据库,公开使用,发布了世界上第一个栽培红薯基因组测序的结果。

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  目前,对甘薯品种进行全基因组分析,台中6号已在上海陈山植物园,德国马普分子遗传研究所,中国科学院植物生理生态研究所完成。测序结果于2016年发布,这是世界上第一个栽培甘薯全基因组测序的结果,也是唯一可用于转录组分析的参考基因组。

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  杨军说,研究人员已经建立了甘薯基因组数据库网站,为全球同行公布了测序结果。该网站有两台服务器,一台在华北,一台在德国。

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